Les catacombes sont apparues en référence aux catacombes de Rome, nom donné à l'origine à un ancien cimetière situé non loin de la voie Appienne. Le cimetière des Innocents (près de Saint-Eustache, dans le quartier Les Halles) avait été utilisé pendant près de dix siècles et était devenu une source de d' infection pour la population locale. Après de nombreuses plaintes, le Conseil d'État décida, le 9 novembre 1785, d'interdire l'utilisation ultérieure du Cimetière des Innocents et d'éliminer son contenu.
Les carrières désaffectées ont été choisies pour recevoir les restes; la ville de Paris venait d'achever une inspection générale des carrières pour renforcer les voies publiques minées par elles. Les travaux de construction ont été réalisés dans la carrière «Tombe-Issoire», utilisant de grandes quantités de pierre, renforçant les galeries et complétant par le creusement d'un escalier, flanqué d'un puits dans lequel les ossements pouvaient être jetés.
Le transfert des restes pourrait commencer après la bénédiction et la consécration du site le 7 avril 1786, et se poursuivre jusqu'en 1788, toujours à la tombée de la nuit et après une cérémonie au cours de laquelle une procession de prêtres en surplis chantait le service des morts. sur la route par les chars chargés d'ossements, qui étaient couverts d'un voile noir. Puis, jusqu'en 1814, le site reçut les vestiges de tous les cimetières de Paris.
D'autres raisons ont conduit au choix des fouilles souterraines. Chez les chrétiens, le sens de la communauté était vécu avec une grande force: ils voulaient aussi être ensemble dans le « rêve de la mort ».
Selon la loi romaine, l'inhumation des défunts à l'intérieur des murs de la ville était interdite, toutes les catacombes étaient situées le long des grandes routes consulaires et, en général, dans la banlieue de l'époque.
Les Catacombes de Paris rouverte le Juin 14, 2005, après plusieurs mois de fermeture pour la construction. L'éclairage a été ajusté, les voûtes ont été renforcées et les parois osseuses repositionnées.
